MS Internet Explorer , по всей видимости, действительно имеет некоторые баги при работе с куками, по крайней мере до 6-й версии. Также замечен баг PHP 4.1.1 при работе с куками! В случае если у Вас установлен PHP 4.1.1, пробуйте обновить или понизить версию..., это может сработать.