Когда MySQL запущен в ANSI-совместимом режиме, существуют некоторые особенности, которые нужно иметь ввиду (см. http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/ANSI_mode.html). Наиболее важная из всех - символ кавычек (") интерпретируется как идентификатор символа кавычек, но не как строковый символ, который делает многие внутренние операции phpMyAdmin некорректными с точки зрения SQL. Пока нет решения по данной проблеме.

P.S. (в 2.6.1) ANSI не поддерживается. Сообщение об ошибке появляется при работе в ANSI режиме. Если режим ANSI выключен, данное сообщение не появляется. Оно появляется, т.к. запрос в файле server_privileges.php не передает аккаунту тот факт, что MySQL используется в ANSI режиме.

Предупреждение: Структура Вашей таблицы привилегий должна быть старше, чем эта версия MySQL! Для решения данной проблемы запустите скрипт mysql_fix_privilege_tables, который должен быть включен в дистрибутив MySQL-сервера.