Для тестирования повреждений рекомендуется выполнять: myisamchk tables[.MYI]
Параметры уровня проверки:
--medium-check - средний
--extend-check - расширенный

В crontab:
35 0 * * 0 /usr/local/mysql/bin/myisamchk --fast --silent /path/to/datadir/*/*.MYI
Внимание, myisamchk нужно запускать при _не_ запущенном mysqld, иначе нужно использовать утилиту mysqlcheck (mysqlcheck --repair --analyze --optimize --all-databases --auto-repair)

Восстановление таблицы:
REPAIR TABLE tbl_name или myisamchk -r table_name или myisamchk --safe-recover table_name