Полностью поддерживаются все версии MySQL с 3.23.32 до 5.0 (за исключением 4.1.0 и 4.1.1). Обратите внимание на то, что чем старше версия MySQL, тем больше ограничений накладывается. phpMyAdmin может соединяться с вашим MySQL сервером, используя классические php-расширения: MySQL и его усовершенствованный вариант (MySQLi), который доступен в php 5.0. И в том и другом случае, разработчики обоих расширений рекомендуют использовать классическое расширение для MySQL 4.0 и ниже и MySQLi для MySQL 4.1 и новее.


При компилировании php, настоятельно рекомендуется, вручную связать выбранное Вами MySQL расширение с клиентской библиотекой MySQL по крайней мере с упрощенными версиями, которые присутствуют в дистрибутивах php. Чаще всего библиотеки, входящие в дистрибутив php - старые, их использование может вызывать проблемы (см. FAQ 1.17a). Если Ваш веб-сервер запущен под Windows вы можете попробовать MySQL Connector/PHP вместо MySQL / MySQLi расширений, который входит в состав сборки php под Win32.

MySQL 5.1 еще не поддерживается.