1. Нужно изменить немного скрипт подключения к БД.

Пример, как можно было подключиться раньше:
$db = @mysql_connect("$dbhost","$dbuser","$dbpass");
@mysql_select_db($dbname,$db);

Пример, как нужно в MySQL 4.1 и выше:
$db = @mysql_connect("$dbhost","$dbuser","$dbpass");
@mysql_select_db($dbname,$db);
@mysql_query('SET NAMES cp1251;');


2. При залитии дампа со старого мускула в MySQL 4.1 и выше во все запросы с "CREATE TABLE" нужно вконце перед точкой с запятой добавить:
TYPE=MyISAM DEFAULT CHARACTER SET cp1251

Пример: вы находите в скрипте строку с mysql_connect и заней добавляете 2 строки 
@mysql_query("set character_set_connection=cp1251");
@mysql_query("set names cp1251");

mysql_connect($GLOBALS['dbhost'], $GLOBALS['dbuser'], $GLOBALS['dbpasswd']) or die($this -> Error("Can't connect to mysql"));
@mysql_query("set character_set_connection=cp1251");
@mysql_query("set names cp1251");
mysql_select_db($GLOBALS['dbname']);