Это может произойти в нескольких случаях:
Неверные значения конфигурационных переменных $cfg['Servers'][$i]['controluser'] и/или $cfg['Servers'][$i]['controlpass'].
Неверные имя пользователя/пароль, указываемые в диалоге аутентификации.
Уже установлен механизм безопасности для phpMyAdmin-директории, например, с помощью файла .htaccess. В данном случае возникает конфликт с механизмом аутентификации phpMyAdmin-а, необходимо определиться с выбором.