Пожалуйста проверьте следующие пункты:
Возможно, задано неверное значение PmaAbsoluteUri в config.inc.php: задан как IP адрес, а запускаете phpMyAdmin с помощью URL, который содержит доменное имя. Или наоборот, указали в качестве значения доменное имя, а в адресной строке вводите IP.
Настройки безопасности в IE и/или Microsoft Security Center слишком высокие, и блокируют выполнение скриптов.
Возможно брэндмауэр (если он установлен) блокирует Apache и MySQL. В таком случае, необходимо разрешить http порты (80 или 443) и MySQL порт (обычно 3306) в директориях "in" и "out".