В phpMyAdmin 2.2.0 и 2.2.1, таким способ создается так называемый составной индекс (из нескольких полей). Если необходимо создать два отднльных индекса, то создаете первый, при создании таблицы, сохраните, затем вызовите свойства таблицы и кликните ссылку "Index" для создания другого индекса.