Вероятнее всего PHP 4 был скомпилирован с опцией --with-mysql без задания пути к MySQL. Это означает, что PHP использует его встроенную клиентскую библиотеку MySQL. Если на вашей системе выполняются приложения (такие как PHP 3, в виде паралельного модуля Apache, или auth-mysql), которые используют другие версии MySQL клиентов, то возникает конфликт между двумя разными версиями этих клиентов.

Обычно, перекомпиляция PHP 4 с указанием пути к MySQL в опции '--with-mysql=/your/path/to/mysql' решает эту проблему.