На Unix по умолчанию он должен находиться в директории /usr/local/lib, определяемой как /lib. Большинство людей изменяют это во время компиляции с помощью опции --with-config-file-path Для примера, вы можете задать что-то типа: --with-config-file-path=/etc
Затем скопировать файл php.ini-dist из дистрибутива в /etc/php.ini и отредактировать его для ваших локальных потребностей.

--with-config-file-scan-dir=PATH

На Windows по умолчанию php.ini находится в Windows директории. Если вы используете Apache web сервер, php.ini сначала ищется в директории, где был установлен Apache, например c:program filesapache groupapache. В этом случае на одной машине у вас могут быть разные файлы php.ini для разных версий Apache.