Это происходит если вы скомпоновали ваши библиотеки MySQL с pthreads. Проверьте используя ldd. Если это так, скомпилируйте MySQL из исходников или перекомпилируйте исходный rpm, отключив поточный код клиента в файле спецификации. Любой из этих вариантов исправит проблему. Затем перекомпилируйте PHP с новыми библиотеками MySQL