Убедитесь что все пользователи, кому необходимо запускать PHP скрипты, имеют право выполнять php.exe! IIS использует анонимного пользователя, который добавлен во время установки IIS. Этот пользователь должен иметь права на php.exe. Также любому аутентифицированному пользователю будут нужны права на выполнение php.exe. И для IIS4 вам необходимо сказать ему, что PHP является скриптовой системой.