Поисковые системы не много уделяют внимания тому, какое у расширение у Ваших страниц. Намного важнее то, как выглядит URL этих страниц, тут рекомендуется избегать таких символов, как "?", "=" и т.п. Но если уж Вам очень нужно передавать какие-то параметры в URL, то есть два выхода:
-Использовать модуль mod_rewrite, тогда Ваши технические символы будут выглядеть как слэши.
-Сделать статичные странички для тех, которые особенно важны для индексации.
Но есть еще один момент, который также стоит учитывать. Большинство поисковых систем в формуле расчета релевантности страниц используют алгоритмы подобные Page Rank. Этот алгоритм работает не с сайтами, а со страницами, и если Вы смените расширение для страниц своего сайта, то поисковые роботы будут воспринимать их как новые страницы. Следовательно, внешние ссылки, которые раньше вели на некоторые страницы, потеряют свой вес, а, следовательно, Вы можете ухудшить свои позиции в некоторых поисковиках.