Напрямую этого не узнать. Понятно, что если система будет записывать историю вызовов программ, переменные окружения и прочую метаинформацию, то серверы будут заниматься не обслуживанием сайтов, а ведением статистики по своей работе. Временные промежутки подсчета статистики использования ресурсов позволяют без применения каких-то особых математических вычислений оценить логи веб-сервера для поиска скрипта или сравнить время с записями в таблице cron. Возможно, это не скрипт. Из-за особенностей настройки хостинга время процессов веб-сервера, обслуживающих сайты клиентов, тоже учитывается в статистике. К примеру, вложенное стоекратно SSI-включение в shtml-странице.