Если у Вас есть много файлов, которые надо загрузить на сервер, как правило это долго. Поэтому вам нужно у себя на диске, создать структуру папок (как у себя сервере) и всё это запаковать в архив .zip далее загружаете его к себе на сайт (загрузить 1 архив намного быстрее, чем сотни разных фалов).

Далее с помощью SSH: tar -xvzf имя_файла_в_текущей_деректории.tar.gz